Analyses de microbiologie environnementale

Présentation

Les communautés microbiennes sont essentielles dans le fonctionnement biologique de leur milieux (air, eau, sol…), notamment au travers des cycles biogéochimiques (décomposition de la matière organique, modification chimique des antibiotiques…). Les micro-organismes ont la capacité de se développer dans des milieux extrêmes, tel que les sédiments, la glace ou encore les sols contaminés. Afin d’étudier leur rôle dans l’environnement, leur dispersion et l’impact des stress anthropiques et naturels sur leur structure, la plateforme met en place des dispositifs expérimentaux en prenant en compte la géoscience, la biologie, la chimie et la physique pour une approche pluridisciplinaire.
La plateforme AirOSol peut prendre en charge les échantillons naturels (du prélèvement à l’expérimentation en laboratoire bi-contrôlé) ou réceptionner directement les échantillons.

Matériels d’échantillonnage

Afin d’obtenir un échantillon représentatif, plusieurs prélèvements et réplicats biologiques sont réalisés à différents endroit du milieu étudié, en respectant les bonnes pratiques de laboratoire : port de gants et utilisations de matériel stérile, tels que des tubes, des pots, des tamis
Nous utilisons des filtres en quarts pour les échantillons d’air à l’aide d’un collecteur d’atmosphère ambiant haut débit (cf. chimie environnementale, onglet air) Mettre en mode lien
Pour le sol et l’eau, d’autres systèmes de prélèvements sont disponibles au laboratoire (cf. chimie environnementale, onglet eau/sol) Mettre en mode lien

Domaine d’activité
Préparation des échantillons :
A réception des échantillons, ceux-ci sont conditionnés et stockés à température ambiante ou 4 °C pour des expérimentations en microbiologie et stockés à -20 °C pour des expérimentations en biologie moléculaire.
Pour des études en biologie moléculaire, nous procédons à des extractions et des purifications de biomoléculaires (acides nucléiques, protéines) avec des protocoles optimisés selon la nature de l’échantillon.

Expertises :
Microbiologiques :
– Isolement et identification des bactéries et champignons (milieu de culture sélectif, observation microscopique,…)
– Culture des micro-organismes avec des dispositifs expérimentaux permettant de se rapprocher des conditions environnementales naturelles (microcosmes, mésocosmes, colonnes,…)
– Production et caractérisation de biofilm et de biomolécules (Fermenteur, INFORS HT)
– Observation et quantification de microorganismes morts et vivants (microscope inversé à fluorescence, Zeiss) et quantification de deux espèces bactériennes dans un mélange (cytomètre de flux, ACCURI C6)

Biologie moléculaire :
– Détection et quantification des différentes communautés microbiennes par PCR et qPCR, tel quel les bactéries résistantes au cuivre. (Thermocycleur, Biorad C1000 et CFX96)
– Impacts des stress naturels (températures, pression…) et anthropiques (antiobiotiques, métaux,…) sur la structure et la diversité des communautés microbiennes par rep-PCR, DGGE et métabarcoding (Electrophorèse, Biorad DC-code)

Quelques exemples de thématiques développées sur la plateforme :
Au sein de l’IGE :
– Utilisation de bactéries pour des études isotopiques du NO3
– Détection de bactéries dans la neige et la glace
Avec des partenaires académiques :
– Biosorption des métaux lourds par les bactéries (LEHNA, Lyon)
– Caractérisation des communautés microbiennes de l’atmosphère en lien avec la production de polyols (LECA, Saint-Martin d’Hères)

Avec des partenaires internationaux :
– Caractérisation temporelles des communautés microbiennes par métabacroding sur les micro plastiques des canaux de Ho Chi Minh ville (Université technologique, Ho Chi Minh)